El Equipo Especial Lava Jato gastó 26 millones 700 mil soles de recursos públicos entre 2016 y 2025, según documentos oficiales del Ministerio Público difundidos por Panorama. La mayor parte del presupuesto se concentró entre 2017 y 2019, cuando Rafael Vela y José Domingo Pérez lideraban el equipo. En ese periodo se ejecutaron 24.5 millones de soles, con más del 99% del presupuesto utilizado en sueldos, pasajes y viáticos. Del total, 6 millones correspondieron a fiscales, 5 millones a personal administrativo, 2.5 millones a locadores y 1.2 millones a pasajes al exterior. Otros 11.6 millones fueron destinados a bienes, mientras que los viáticos sumaron 63,820 soles. Consultado al respecto, Pérez Gómez sostuvo que no tuvo responsabilidad en la asignación de recursos y la atribuyó a los sucesivos fiscales de la Nación. En defensa del equipo, su entorno afirmó que ya se pagaron 400 millones en reparaciones y existen más de mil millones comprometidos.
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